隨著澳門於1999年12月回歸祖國，鏡湖醫院的外部環境和專科醫療建設也發生了巨大變化，在特區政府和袓國的支持下，現在已發展成為一所現代化的綜合性教學醫院，擁有五座大樓及氹仔醫療中心，包括第一及第二門診大樓，1999年11月落成啟用的C座急診和住院大樓以及在澳門政府、鏡湖慈善會及霍英東基金會支持下，於2009年落成啟用的「霍英東博士專科醫療大樓」。2005年落成的氹仔醫療中心，提供部分專科門診及急診服務。

目前醫院員工2111名，包括醫生358人(高級職稱醫生56人)，護士707人，護士助理241人，護理員及病室服務員60人，技術人員360人，其他員工385人。

全院共擁有736張床位，設有19個臨床醫技科室，包括內科、外科、婦產科、兒科(新生兒&NICU)、急診科、重症醫學科、口腔科、眼科、耳鼻咽喉-頭頸外科、麻醉科、腫瘤科、康復科、皮膚科、家庭醫學科、中醫科、病理科、影像科、檢驗科、藥劑科。

設有21個醫療中心，包括心臟中心、神經疾病中心、血透中心、康寧中心、內分泌-代謝病-糖尿病防治中心、眼科中心、口腔中心、高壓氧治療中心、兒童保健中心，其餘12個醫療中心位於霍英東博士專科醫療大樓。

鏡湖醫院堅持勤儉辦院、愛心治病和以病人為中心的服務宗旨，強化專業人員培訓和管理，醫療技術得到較大發展。同時借鑑國內外成功經驗，致力不斷改善就醫環境、醫療質量、病人安全和醫療體驗，為病人提供更加優質的醫療服務。2022年門急診診治137萬人次，出院病人2.83萬人次，反映我院醫療服務深受廣大市民的信賴，現已成為本地區醫療服務的主要提供者之一。

鏡湖醫院不斷加強專科醫療建設，開展新的醫療技術和特色服務，心血管內科自2008年開始採用CARTO3系統，開展微創射頻消融技術，廣泛應用於治療各種常見心律失常，從而達到根治目的而有效擺脫長期服藥治療。心血管介入技術是本院較成熟的技術，包括冠狀動脈造影術(CAG)和冠狀動脈介入治療(通波仔、旋磨复通和放支架等) ; 近年更開展了經皮主動脈辦置換術(TAVI)、二尖辦夾合術(MITRACLIP)、左心耳封堵術(LAAO)等結構性心臟病介入治療。消化內科每年內鏡檢查及治療超過一萬例，成功開展了鏡下微創手術治療。

外科各亞專科積極開展微創手術，包括普外科腹腔鏡䦨尾、膽囊、結直腸、甲狀腺及左半肝切除手術；泌尿外科開展了全尿路結石內鏡下激光治療、保留正常腎組織的微創腎癌切除術以及前列腺根治切除術，取得良好成效。骨科全面開展關節鏡手術、高位頸椎手術等高難手術。心胸血管外科常規冠脈搭橋、瓣膜置換（小切口心瓣置換手術），是目前澳門地區唯一能開展大血管手術的單位；肺癌手術9成以上以胸腔鏡完成，已開展單孔胸腔鏡肺癌根治術。婦產科肩負本澳一半的分娩任務，近年更開展了輔助生殖技術，成為澳門首家輔助生殖中心。兒科在新生兒/早產兒危重症以及先性心臟病介入診斷和治療方面成績喜人。

急診科&重症醫學科聯合心內科和神經內、外科開展「急性冠脈綜合徵」和「腦卒中 」急救綠色通道，進行血管內溶栓及介入治療；重症醫學ECMO團隊能同時對在存在可逆性心臟和肺功能衰竭的重症患者進行ECMO支持治療，明顯提高呼吸、循環衰竭患者的生存率。

影像科與放射腫瘤科具有現代化先進設備：如CT、PET-CT、MRI和CYCLOTRON等，能充分協助各臨床專科明確疾病的診斷、病情評估和介入治療；為腫瘤病人提供完整的外科手術前/後放射治療和聯合藥物治療(化療、免疫和標靶治療）。康復科引進大量現代化先進康復醫療設備，開展了各種器官、組織及系統功能康復治療。

本院還開設專科護理門診，包括糖尿病專科護理、心臟科專科護理、圍產期專科護理、舒緩專科護理。為病人提供外展護理服務，以減輕行動不便患者回院覆診，減少再入院的頻率及住院天數；家居胃管尿管意外脫落後的快速重置；患者出院後得到延續性關注、心理關懷及支持、提升藥物依從性和加強皮膚護理意識。